Masato mất mẹ trong cuộc Oanh tạc Tokyo năm 1944, khi Chiến tranh Thái Bình Dương đang diễn ra. Cha cậu là chủ một nhà máy máy bay chiến đấu, đã lấy vợ mới là Natsuko – em gái của vợ cũ. Họ chuyển đến sống ở vùng quê của Natsuko, cùng với một người giúp việc già. Ở nơi mới, Masato gặp nhiều khó khăn với trường học và mối quan hệ với Natsuko đang mang bầu. Cậu còn thường xuyên bị một con diệc xám kỳ lạ làm phiền ở khu đất của họ.

Mahito xô xát ở trường, về nhà cậu tự làm mình bị thương để gây thương xót cho cha. Khi cậu băng bó vết thương ở khu đất, cậu tìm thấy cuốn sách Kimi-tachi wa Dō Ikiru ka có chữ viết tay của mẹ cậu, mà bà định làm quà cho cậu khi cậu lớn hơn. Cậu cũng biết được con diệc kỳ lạ có thể nói chuyện, và là một người đàn ông nhỏ sống trong cơ thể con diệc. Con diệc nói mẹ cậu còn sống và đang bị giam trong một tòa tháp bí ẩn trong rừng, do chú của cậu – một kiến ​​trúc sư nổi tiếng xây dựng. Con diệc thúc giục cậu vào tòa tháp để cứu mẹ. Cậu không tin, nhưng khi thấy Natsuko bước vào tháp một cách lạ lùng, cậu quyết định theo sau và cuốn vào một thế giới ma thuật.

Mahito bước vào thế giới ma thuật, nơi cậu gặp Kiriko, một nữ thủy thủ, phiên bản thời trẻ của người giúp việc người giúp việc ở nhà anh; Himi, một phù thủy ma thuật giúp sức cho Mahito và Kiriko, đồng thời là chú quá cố của Natsuko, người cai trị thế giới này. Mahito, Himi và con diệc cùng nhau đột nhập vào lâu đài, vượt qua những con vẹt khổng lồ ăn thịt người, để tìm mẹ của Mahito. Natsuko không muốn đi theo họ, cho đến khi Mahito gọi cô là mẹ.

Trên đường chạy trốn, những con vẹt khổng lồ bắt Himi đi. Mahito cứu Himi và gặp chú của cậu. Chú cho cậu xem những khối xây dựng giữ sự cân bằng và viên đá nổi chứa sức mạnh của chú. Chú muốn cậu kế thừa viên đá và sự cân bằng, vì cậu là người có huyết thống và không ác tâm. Mahito từ chối, thay vào đó cậu chọn trở về nhà và chỉ vào vết thương trên đầu là bằng chứng. Vua vẹt muốn cướp quyền lực của chú và phá hủy những khối xây dựng và viên đá, làm thế giới này sụp đổ. Mahito mời Himi về nhà cậu, nhưng Himi từ chối, nói cô là mẹ cậu khi còn trẻ và cô phải về quá khứ để sinh cậu ra. Mahito, Natsuko và con diệc về nhà và gặp lại cha cậu. Hai năm sau chiến tranh, Mahito sống vui vẻ với gia đình cậu.